公元1258年阿拔斯王朝滅亡，穆斯林世界陷入分裂狀態，許多小王朝相繼出現，但沒有一個政權有足夠力量統治伊斯蘭世界。
奧斯曼帝國，因其創始人奧斯曼而得名，它的建立和發展在世界歷史和伊斯蘭教歷史士都佔有重要的地位，在其極盛時期，疆域橫跨亞
、非、歐三大洲，十六世紀末開始衰落後，成為歐洲列強爭奪的對象。
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十三世紀初，奧斯曼土耳其人在中亞細亞興起。1299年，其部落首領奧斯曼一世稱蘇丹(即王)，正式建立奧新曼國家。1453年，蘇丹穆罕默德二世攻陷君士坦丁堡，滅了拜占庭帝國，並遷都於此，更名為伊斯坦堡。十五世紀末，帝國已佔領了整個小亞細亞及巴爾干半島，將伊斯蘭教傳入西南歐地區。十六世紀初是帝國的強盛時期，先後佔領了亞美尼亞、格魯吉亞、敘利亞、埃及、巴格達、美索不達米亞、的黎波里、阿爾及利亞、希賈茲和也門地區，伊斯蘭的聖地麥加、麥地那和耶路撒冷也在其控制之下，其疆域已包括以前的拜占庭帝國和阿拉伯的大部份領土。從賽姆一世
(1512-1520)開始。蘇丹即自稱哈理發，雄踞伊斯蘭世界的領袖地位。
奧斯曼帝國的整個行政機構，乃至法律，最初都是以軍事為基礎建立起來的。但後來伊斯蘭教的影響至為明顯，例如在穆罕默德二世(1451-1481)。就明確規定所有司法和宗教官員都是隸屬
「穆夫提」(Mufti即宗教上的大法官)管理。
奧斯曼人在征服和執政的過程中，許多部族和異教徒販依了伊斯蘭教，小亞細亞的居民多被同化。但在歐洲，一些民族販依伊斯蘭以後，仍然保留自己的民族特點和語言。奧斯曼人一開始就承認新皈依的穆斯林是平等的公民，並且吸收他們的中上層人物參與國家的管理。例如，在奧斯曼軍事貴族最重要的四個家族中，米哈勞戶格家族，就屬於希臘血統。在奧斯曼鼎盛時期(1453至1623年)四十七位首相中只有五人屬土耳其血統，其餘包括有各民族及皈依伊斯蘭教的基督徒。
奧斯曼人承繼了伊斯蘭的傳統，對異教徒採取寬容的態度，只要繳納人頭稅，盡了公民責任，就享有信仰自由。穆罕默德二世於1453年承認，當選的真那奧為正教總主教，並且針對君士坦丁堡居民減少的現狀，鼓勵基督徒留在這城市或遷入這個城市，他還承認猶太教和亞美尼亞格列高利教派的各個教團。這三個宗教團體被視為奧斯曼國內有特殊信仰的集團或民族，他們各有自己的領袖，有權使用自己的語言，發展自身的宗教、文化和教育機構，可以審理一些民事訴訟等。正因如此，史學家希爾
說「許多巴爾干社團都願意享受奧斯曼統治下的這種自治，而不願忍受在匈牙利人和哈布斯堡王朝統治下的宗教和文化的限制和迫害。」在十六世紀，它實際上變成了被逐出西班牙和葡萄牙的猶
太人的宗教避難所，在1590年前後，伊斯坦堡的猶太聚居處，就超過二萬人。
奧斯曼國奉行遜尼派教義，制定了以伊斯蘭教法為核心的行政、立法和刑法的體系，政府設「伊斯蘭委員會」作為國家管理宗教的權力機構，起維護信仰和監督教法實施的職能和作用。
此外，又大力倡導和贊助伊斯蘭教育和學術文化，在各地建立大量華麗的清真寺、各類宗教學校、蘇菲道堂和圖書館。並培養宗教學者和官吏。伊斯蘭教得到廣泛的傳播和發展。
奧斯曼帝國的衰微
到了十六世紀後期，帝國的管治能力漸衰微。被征服的民族反抗，軍事制度逐漸被破壞。地方貴族離心，加上官吏貪污，宮廷內訌，軍隊嘩變，以及對外戰爭，都削弱了帝國的力量，使它走向衰亡。十八世紀，歐洲列強在亞非兩大洲展開了殖民地爭奪，奧斯曼帝國成為歐洲列強的角逐場。1798年拿法國玻崙一世率領的軍隊佔領了埃及，歐洲的列強掀起了一場「瓜分奧斯曼帝國遺產」的爭奪，導致了奧斯曼帝國的
徹底崩潰。1922年嘉未爾領導的革命集團，推翻帝國，廢除了蘇丹和哈理發的制度。
在十六世紀，波斯的薩法維王朝及印度的莫臥兒王朝，相繼興起，與奧斯曼帝國抗衡，屬於什葉派的薩法維王朝
(1502-1722)，其版圖東至阿富汗，西達幼發拉底河 抵阿姆河
，南臨波斯灣。而帖木兒六世孫巴布爾，在印度建立的莫臥兒帝國，其領土達南亞次大陸的整個北半部，確立了伊斯蘭教在該地區的統治地位。
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