馬來西亞總理馬哈蒂爾對記者說，美國應當克制，不要襲擊阿富汗，那樣只能傷害數以千計的無辜平民。 "我們反對以發動戰爭的形勢作為解決問題的方式。" 馬來西亞"柏納瑪"通訊社援引總理的講話說﹕"恐怖主義到處都有。 如果西方國家打敗了阿富汗，派軍隊去佔領，其後果是使恐怖主義更加擴散，他們可能在其他地方發動攻擊。" 

馬哈蒂爾總理呼籲聯合國出來組織反對恐怖主義的研討會，設計切實可行的防止恐怖主義的辦法。 永久性的方法是找出激起襲擊紐約和華盛頓的根本原因，必須首先消除壓迫，才有可能制止恐怖主義。"只用武器來消滅恐怖主義，不會奏效。 只要壓迫存在一天，恐怖主義也就存在一天，伊斯蘭的國家都是受壓迫的，因為他們力量很弱。" "如果真心想消滅恐怖主義，先著手解決巴勒斯坦的問題､伊拉克的問題､車臣的問題。 壓迫不斷，恐怖不止。" 

有傳聞說，美國FBI已經通知馬來西亞，他們從收集到的錄像磁帶中發現有幾個嫌疑分子到過馬來西亞。 副總理阿卜杜拉•巴達維說，馬來西亞的移民局在沒有發現罪證的情況下不能阻止這些人入境，但是他說，馬來西亞保證與世界反恐怖行動配合，絕不會包庇證明有罪的恐怖分子窩藏在這個國家。 美國情報機構提示，馬來西亞的銀行可能被化名的恐怖分子利用來洗錢。 他回答說，馬來西亞安全部門已經對銀行和金融部門檢查過，沒有發現與國際恐怖活動有關聯的存戶。 (Islam Online， 09/30/2001 )