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某些激進的印尼伊斯蘭組織號召把住在印度尼西亞的美國人都趕出去，也有許多穆斯林團體決心發動對美國駐印度尼西亞的機構和設施的攻擊，一旦華盛頓開始對阿富汗發動侵略行動。 但是，印尼第二大穆斯林組織穆罕默迪亞大伊瑪目艾達魯庫特尼說﹕"我們不須把美國人都趕走，表示抗議就足夠了，因為印尼是個開放型的國家。" 爪洼軍區司令蘇馬爾索姆告誡穆斯林要保持冷靜，不要用暴力對待美國人。 他說﹕"美國的對外政策有問題，是美國政府的事，我們不應攻擊美國人民。 這裡的美國人民也未必都同意他們政府的政策。" 擔任印尼副總統的哈茲是印度尼西亞最大穆斯林政黨的領袖，他警告美國不要抓住一個又貧又弱的國家當替罪羊表現自己的野蠻。 他要求廣大穆斯林民眾在國際政治運動中要守紀律，不能感情用事。 (Islam Online， 09/24/2001 ) |
根據雅加達新聞通訊社報道﹕印度尼西亞高級伊斯蘭權威星期二號召全體穆斯林做好參加聖戰的準備，如果美國及其盟國開始向阿富汗發動侵略性攻擊。
印尼烏勒瑪(穆斯林學者)最高委員會秘書長在舉行記者招待會時發表了一份聲明，"號召全世界穆斯林團結起來，在真主的大道上動員一切戰鬥力量，反對美國及其盟國對阿富汗及伊斯蘭世界可能發動的侵略。"
這個聲明也要求穆斯林國家"不要為了私利而服從美國的壓力"，要求印度尼西亞政府不要支持美國因為遭受9月11日襲擊事件而採取的報復行動。
"印度尼西亞政府不能在美國的壓力下給予政治､道義或任何形式的支持，不能許可美國的艦隊和飛機使用印度尼西亞的領海和領空。"
印尼總統梅加瓦蒂剛剛結束對美國的訪問，她在訪問期間曾向美國表示堅決譴責"野蠻和非人性的襲擊事件"並且保證印尼參加世界反恐怖戰役。